コウノトリ育むお米の種子消毒は、温湯消毒と食酢消毒の組み合わせ。
温湯消毒
温湯消毒は、63℃の温湯に7分間浸漬した後、すぐ冷水で冷やす。63℃のお湯を沸かすのが一苦労だが、昨年から風呂釜を使っている。メリットは大きな風呂桶にお湯を溜め沢山の種籾を一度に浸漬することができるが、風呂釜では48℃までのお湯しかできないので別途投げ込みヒーターで63℃まで上げている。今年からヒーターを1台追加し2台体制としたが、それでも63℃のお湯にするには時間がかかるので、別途ガスコンロで熱湯を作り（下の写真）、お風呂に2回足した。
食酢消毒
温湯消毒後、即食酢消毒に入った。「浸種前」なので、酢酸濃度0.1～0.25％、液温5～25℃の範囲で24時間浸漬する（下の写真）。酸度4.5％のミツカン米酢900mlを2本、40lの水に入れた（タライは60lのもの）。酸度は、4.5％×0.9l×2本／41.8l＝0.19％で基準内。
